Kieran est passé par l’académie du club avant d’y signer professionnel en 2004 et a dû attendre 2006 pour débuter avec les Red Devils. Entré en jeu à la place de David Gray face à Crewe Alexandra en League Cup, il a été le sauveur de son équipe après avoir inscrit le but de la victoire 2-1 à la 119e minute. La polyvalence de Lee était son plus grand atout mais jamais il ne s’imposera sous la gestion d’Alex Ferguson. En fin de contrat en mai 2008, il rejoignait gratuitement Oldham Athletic.