Scott Wootton est né à Liverpool et y a été formé avant de venir du côté de Manchester United à l’âge de 16 ans. Très prometteur en équipe réserve à seulement 18 ans, il intègre rapidement l’équipe première qui était sous la gestion d‘Alex Ferguson qui voyait en lui un fort potentiel. Il est alors testé tout au long de la pré-saison 2012-2013 et effectue ses débuts professionnels quelques semaines plus tard lors d’une rencontre de League Cup. Il est ensuite prêté à Peterborough mais son prêt tourne court après une blessure qui l’oblige à revenir du côté de Manchester. Les pépins physiques l’ont coupé dans sa lancée et il ne sera plus jamais réutilisé après ses 4 seules apparitions pour les Red Devils. Il est ensuite vendu à Leeds United pour 1M£.