C’est à l’âge de 15 ans que Doherty rejoint l’école de formation du club. Débutant en professionnel à 17 ans en 1952, il remporte la Youth Cup 1 an plus tard avec les jeunes connus comme Edwards, Colman, Pegg… Joueur offensif très prometteur, il verra ses espoirs de devenir un membre régulier de l’équipe de Matt Busby réduits à néant lorsqu’il subit des problèmes au genou tout au long de sa jeune carrière. Il est ensuite vendu à Leicester City pour 6500£ en 1957.