Danny Webber est d’abord passé par Fletcher Moss Rangers avant de rejoindre l’Academy du club. Considéré comme un joueur prometteur dans le centre de formation, il signe son premier contrat professionnel en décembre 1998. Il devra ensuite attendre presque 2 ans pour effectuer ses premiers pas avec l’équipe première à l’âge de 18 ans et 11 mois, lors d’une défaite à Sunderland en novembre 2000. Malgré le talent qui était présent, Webber ne parviendra pas à s’imposer dans le groupe d’Alex Ferguson et n’effectuera que 3 apparitions pour les Red Devils tout au long de son passage. Après des prêts à Port Vale et par deux fois à Watford, il finira par rejoindre définitivement et gratuitement les Hornets à l’aube de la saison 2003-2004.