Colin McKee est formé au club et a fait partie de la génération dorée de 1992. Performant avec les équipes de jeunes, il avait même été élu POTY en équipe réserve en 1993. Il doit ensuite attendre plus d’un an pour être lancé en professionnel en mai 1994 par Alex Ferguson lors d’un match nul face à Coventry City.

La même année, il est finalement vendu à Kilmarnock dans un deal incluant également Neil Whitworth. McKee effectue ainsi son retour dans son pays d’origine suite, lui qui verra sa carrière gâchée par les blessures et qui a condamné ses chances de réussir avec Manchester United.